أنشئ معهد الجوازات منذ وقت مبكر حينما كانت الجوازات مرتبطة بوكالة وزارة الداخلية للأحوال والجنسية، وكان يتولى مهام تدريب العاملين على أعمال الجوازات المختلفة، وكان ذا طابع مدني.
وفي تاريخ 5/10/1392هـ جاءت فكرة إنشائه ليكون أحد المعاهد العسكرية باسم معهد الجوازات، وقد تبنى فكرة إنشائه خادم الحرمين الشريفين الملك فهد بن عبد العزيز (يرحمه الله) عندما كان وزيراً للداخلية.
وصدر القرار الوزاري رقم 1195 والقاضي بتنظيم أعمال الجوازات وسير العمل فيه وفق اللوائح المحددة لذلك. ولا يزال المعهد يحظى برعاية صاحب السمو الملكي الأمير محمد بن نايف بن عبدالعزيز - وزير الداخلية (حفظه الله).
حيث لا يزال يقدم للمعهد كل دعم ومؤازرة حتى وصل إلى ما وصل إليه من مستوى يمكنه من إمداد قطاع الجوازات بالكوادر السعودية المؤهلة القادرة على القيام بالمهام الموكلة لهذا القطاع الهام، والمساهمة في تقديم الخدمات لأبناء هذا الوطن الغالي ولجميع الوافدين.