يتبع الأمانة العامة للهيئة العليا للأمن الصناعي حالياً ثلاثة فروع هي :-
1- فرع منطقة مكة المكرمة (محافظة جدة) .
(يقع فرع الأمانة بمنطقة مكة المكرمة في محافظة جدة حيث يقوم بالإشراف على جميع المنشآت البترولية والصناعية والخدمية الواقعة في المنطقة)
2- فرع منطقة المدينة المنورة (مدينة ينبع الصناعية) .
(يقع فرع الأمانة بمنطقة المدينة المنورة في محافظة ينبع حيث يقوم بالإشراق على جميع المنشآت البترولية والصناعية والخدمية الواقعة في المنطقة)
3- فرع المنطقة الشرقية (مدينة الجبيل الصناعية) .
(يقع فرع الأمانة بالمطقة الشرقية في محافظة الجبيل حيث يقوم بالإشراف على جميع المنشآت البترولية والصناعية والخدمية الواقعة في المنطقة)