ترتبط وكالة وزارة الداخلية للشؤون العسكرية مباشرة بصاحب السمو الملكي وزير الداخلية، ويتبع لها الإدارات التالية:
- إدارة المستشارين.
- إدارة الخدمات المساندة.
- المجلس التأديبي العسكري.
- الإدارة العامة لعمليات الموارد البشرية العسكرية.
- الإدارة العامة لتطوير الموارد البشرية العسكرية.
- الإدارة العامة للقبول المركزي.
- الإدارة العامة للمستحقات المالية.
- الإدارة العامة لشؤون المتقاعدين.
- الإدارة العامة لرعاية أسر الشهداء والمصابين.
- الإدارة العامة للشؤون القانونية.
- الإدارة العامة للتميز المؤسسي.