أولاً: الإدارة العامة لشؤون المناطق
المهام:
1) دراسة الموضوعات المتعلقة بالجوانب التنظيمية للمحافظات والمراكز الإدارية المرتبطة بإمارات المناطق.
2) العمل مع إمارات المناطق على رفع كفاءة الخدمات العامة في المناطق، ودراسة ما يُرفع لوزير الداخلية بشأن الاحتياجات التنموية والخدمية والتنسيق في ذلك مع الجهات المعنية.
3) بناء قواعد بيانات رقمية بخرائط الإشراف الإداري المكاني لإمارات المناطق والمحافظات والمراكز الإدارية، وجمع البيانات الجغرافية والديموغرافية والاجتماعية من مصادرها الأساسية.
4) إجراءات تشكيل وتعيين واستبدال أعضاء مجالس المناطق والمجالس المحلية، ومتابعة قرارات مجالس المناطق وانعقاد دورات المجالس، وإعداد اجتماعات أمناء مجالس المناطق الدورية.

الإدارات المرتبطة بالإدارة العامة لشؤون المناطق: 
1) إدارة خطط تنمية المناطق.
2) إدارة الشؤون التنظيمية والإدارية للمناطق.
3) إدارة معلومات المناطق
4) إدارة شؤون مجالس المناطق.

ثانيًا: الإدارة العامة للشؤون العامة
المهام:
1) معالجة قضايا الخدمات العامة الواردة من إمارات المناطق بالتنسيق مع الجهات الخدمية.
2) معالجة المواضيع ذات العلاقة بحماية البيئة.
3) المشاركة في دراسة طلبات تأسيس الجمعيات والمؤسسات الأهلية بالتنسيق مع إمارات المناطق.
الإدارات المرتبطة بالإدارة العامة للشؤون العامة:
1) إدارة قضايا الخدمات العامة.
2) إدارة قضايا الإغاثة والمساعدات.

ثالثًا: الإدارة العامة لشؤون البادية
المهام: تختص بدراسـة كافـة ما يتعلـق بالتعيينـات على المناصب القبليـة المعتمدة حالياً وما ينشأ حولها من ملاحظات.
 الإدارات المرتبطة بالإدارة العامة لشؤون البادية:
1) إدارة شؤون مشايخ ومعرفي القبائل.
2) إدارة الدراسات والتطوير.
رابعًا: الأمانة العامة لاجتماع أصحاب السمو أمراء المناطق
المهام:
1) الإعداد والتنسيق للاجتماعات السنوية لأصحاب السمو أمراء المناطق.
2) الإعداد والتنسيق والاجتماعات التحضيرية لوكلاء إمارات المناطق وإنهاء الإجراءات المترتبة عن تلك الاجتماعات.
3) إعداد جدول الأعمال والمحاضر للاجتماعات السنوية لأصحاب السمو أمراء المناطق والاجتماعات التحضيرية لوكلاء إمارات المناطق.
4) تبليغ القرارات والتوصيات الصادرة عن الاجتماعات عنها وتلقي وتقييم الموضوعات والتقارير والدراسات المقترحة من إمارات المناطق لإدراجها في جدول أعمال الاجتماعات التحضيرية لوكلاء إمارات المناطق.

خامسًا: إدارة المستشارين
المهام:
1) تقديم المشورة والرأي في جميع ما يحال للإدارة من موضوعات واستفسارات تنظيمية أو إدارية ذات علاقة بعمل الوكالة.
2) المشاركة في مراجعة الأنظمة والقرارات ذات العلاقة بمهام واختصاصات الوكالة.
3) إبداء الرأي لوكيل الوزارة لشؤون المناطق في جميع ما من شأنه تسهيل عمل الوكالة وزيادة فاعليتها.

سادسًا: وحدة الدراسات
المهام:
1) معالجة الموضوعات التي تخص المشاريع الكبرى والمشاريع التنموية.
2) أمانة مجلس إدارة البرنامج الوطني للتنمية المجتمعية في المناطق.
3) أعمال البرنامج الوطني للتنمية المجتمعية في المناطق.