تأسس مركز المعلومات الوطني في عام 1399هـ، تحت اسم مركز الكمبيوتر، وذلك حين تم البدء في تنفيذ مشروع نظام المعلومات لوزارة الداخلية، وفي عام 1400هـ تم تغيير مسمى المركز من مركز الكمبيوتر إلى الإدارة العامة للمعلومات المركزية ليكون أحد أهم إدارات ديوان الوزارة، وفي عام 1402هـ صدر قرار اللجنة العليا للإصلاح الإداري بتغيير المسمى إلى مركز المعلومات الوطني.